「試験を準備する／試験の準備をする」は、範囲的にすこし意味が違うと思いますが、「車を運転できる／車の運転ができる」は、あまり違わないですよね？
「試験を準備する」というのは、〈試験の問題を作る〉ことだと受けとれますが、「試験の準備をする」というときに、まず思い浮かぶのは〈試験のために勉強する〉ということです（試験の問題を作ったり会場を整備するという意味にもなるが、第一感ではないように思います）。他方、「車を(が)運転できる」と「車の運転ができる」とは同じ意味です。これは、「〜を〜する」という文に含まれる語彙の特徴によるものでしょう。「試験」は（試験問題を）作る側と受ける（試験問題を解く）側とがいますが、「運転」はそうではありません。また、
では、「料理」が様々な手順を重ねて行なわれる事柄であること（「料理」という語に「材料の調達→下準備→調理→盛りつけ」のような手順に関わる知識が含まれていること）が関わっているように思います。